东南大学创建于1902年的三江师范学堂，后历经两江师范学堂、南京高等师范学校、国立东南大学、国立中央大学等重要发展时期。1952年全国高校院系调整，学校文理等科迁出，以原国立中央大学工学院为主体，在国立中央大学本部原址建立了南京工学院。1988年5月，学校复更名为东南大学。2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通高等专科学校合并，南京地质学校并入，组建新的东南大学。在120余年的办学历程中，形成了“严谨、求实、团结、奋进”的优良校风和“以科学名世、以人才报国”的办学理念，铸就了“止于至善”的校训精神。

东南大学四牌楼校区坐落于南京市中心，东枕钟山，西邻钟鼓楼，北临玄武湖，山湖相映，万木竞翠，环境优美。曾是六朝宫苑的遗址，也是明朝国子监所在地。东南大学四牌楼校区作为中央大学旧址，在2006年被列入第六批全国重点文物保护单位，并于2016年入选中国文物学会、中国建筑学会联合公布的“首批中国20世纪建筑遗产”名录。校区内国保建筑有：工艺实习场、孟芳图书馆、体育馆、健雄院、中大院、大礼堂、梅庵、南大门、金陵院，校区内还存有古树六朝松。这些建筑呈现西方古典主义与中西合璧风格，是东南大学百廿历史的象征。

2025年，东南大学全体本科新生回归四牌楼校区就读，并在此设立三江、南高、东南、中大、南工、南雍、日新、至善八个书院，深度融入东南大学一百二十余年办学历史中的精神谱系与文化基因，形成书院核心育人理念，充分依托四牌楼校区的千年文脉、百廿学脉与红色血脉，五育并举，寻脉问源。